男性生殖器流出黄色脓液并伴有疼痛，可能是淋病奈瑟菌性尿道炎、非淋病奈瑟菌性尿道炎、龟头炎等引起，可以通过一般治疗、药物治疗等措施进行处理。

1. 淋病奈瑟菌性尿道炎：淋病奈瑟菌感染所引起的尿道炎，主要通过性接触传播。患者尿道口红肿，有黄色脓性分泌物，排尿时会有疼痛感。可以肌内注射头孢曲松钠、大观霉素等抗生素进行治疗。

2. 非淋病奈瑟菌性尿道炎：主要由淋病奈瑟菌以外的病原体感染引起，如沙眼衣原体、支原体等。患者主要表现为尿道刺痒、尿痛、尿道口有分泌物等。常用米诺环素、多西环素、阿奇霉素、红霉素等药物治疗。

3. 龟头炎：主要由细菌感染、真菌感染等引起，患者龟头部会出现红肿、瘙痒、疼痛、红斑等症状。可以根据感染的病原体类型，选择相应的药物进行治疗，如细菌感染引起的，可以使用莫匹罗星软膏等抗生素进行治疗；真菌感染引起的，可以使用克霉唑乳膏等抗真菌药物进行治疗。

出现上述症状，建议及时就医，查明病因，遵医嘱规范治疗，切勿自行用药。治疗期间应避免性生活，保持局部清洁，避免进食辛辣刺激性食物，多饮水，促进疾病的恢复。