喉咙两侧交替出现疼痛，可能是急性扁桃体炎、急性咽喉炎等疾病引起的，可在医生指导下使用药物治疗、局部治疗、手术治疗等方法改善。

1. 急性扁桃体炎：可出现喉咙两侧交替疼痛的情况，主要是由于细菌感染引起的。

（1）一般治疗：患者需要多喝水、休息，加强营养，以提高免疫力。

（2）药物治疗：可使用青霉素等抗生素类药物抗感染治疗，也可使用布洛芬等止痛药物缓解症状。

（3）局部治疗：可以使用生理盐水、硼酸溶液等漱口液漱口，保持口腔清洁。

（4）手术治疗：如果扁桃体炎反复发作，或者形成了扁桃体周围脓肿等并发症，可考虑进行扁桃体切除术。

2. 急性咽喉炎：可能是病毒、细菌感染，以及不良理化因素刺激导致的，可出现喉咙两侧交替疼痛。

（1）一般治疗：患者需要多喝水、休息，加强营养，以提高免疫力。

（2）药物治疗：病毒感染引起的可使用阿昔洛韦等抗病毒药物治疗；细菌感染引起的可使用阿莫西林等抗生素类药物治疗。布洛芬等止痛药物也可缓解症状。

（3）局部治疗：可以使用生理盐水、硼酸溶液等漱口液漱口，保持口腔清洁。还可以使用雾化吸入治疗，以减轻喉咙疼痛和炎症。

（4）中医治疗：可以使用一些清热解毒的中药，如金银花、菊花等，可以缓解症状。

（5）手术治疗：如果出现了脓肿等并发症，可能需要进行脓肿切开引流术等手术治疗。

出现喉咙两侧交替疼痛的情况，建议及时就医，查明病因，进行针对性治疗。