罗伊氏乳杆菌和短双歧杆菌是两种常见的益生菌，它们在以下方面有所不同：

1. 菌株来源：罗伊氏乳杆菌来源于人类母乳，短双歧杆菌则来源于人体肠道。

2. 作用机理：罗伊氏乳杆菌主要作用于肠道黏膜，促进肠道免疫系统的发育和成熟，同时抑制有害菌的生长；短双歧杆菌主要作用于肠道内环境，促进肠道蠕动，改善肠道功能。

3. 适应人群：罗伊氏乳杆菌适合肠道功能较弱的人群，如婴儿、老年人等；短双歧杆菌则适合肠道功能紊乱的人群，如便秘、腹泻等。

4. 安全性：罗伊氏乳杆菌和短双歧杆菌都是经过严格安全评估的益生菌，被广泛应用于食品、保健品等领域，但在使用时仍需遵循适量、适时等原则。

总的来说，罗伊氏乳杆菌和短双歧杆菌虽然都属于益生菌，但它们在菌株来源、作用机理、适应人群和安全性等方面存在一定的差异，在使用时需要根据自身情况进行选择。