呼吸内科和消化内科是医院的两个不同科室，主要在诊治疾病种类和器官上有所区别。

1. 诊治疾病种类：呼吸内科主要诊治呼吸道相关疾病，如感冒、肺炎、慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺癌等。而消化内科主要诊治消化系统相关疾病，如胃食管反流病、胃炎、消化性溃疡、胃癌、肝癌、胰腺炎等。

2. 诊治器官：呼吸内科主要诊治的器官为肺、气管、支气管等呼吸系统器官。而消化内科主要诊治的器官为食管、胃、肠、肝、胆、胰等消化系统器官。

在医院就诊时，可以根据自己的症状和不适，选择相应的科室就诊。