他克莫司软膏和莫匹罗星软膏是两种不同的外用抗生素药物，主要差别如下：

1. 成分不同：他克莫司软膏主要成分是他克莫司，是一种强力的免疫抑制剂。莫匹罗星软膏主要成分是莫匹罗星，是一种局部外用的抗生素。

2. 适应证不同：他克莫司软膏适用于因潜在危险而不宜使用传统疗法、或对传统疗法反应不充分、或无法耐受传统疗法的中到重度特应性皮炎患者，作为短期或间歇性长期治疗。莫匹罗星软膏适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，例如脓疱病、疖肿、毛囊炎等原发性皮肤感染及湿疹合并感染、溃疡合并感染、创伤合并感染等继发性皮肤感染。

3. 不良反应不同：他克莫司软膏使用后可能会出现皮肤烧灼感、瘙痒、红斑、脱屑等不良反应。莫匹罗星软膏不良反应较少，可能出现局部烧灼感、蛰刺感及瘙痒等，一般不需停药。

以上是他克莫司软膏和莫匹罗星软膏的主要差别，具体用药方案需要咨询医生，在医生的指导下使用。