细菌菌落与真菌菌落的区别在于它们分别属于不同的生物分类和生活特征。细菌属于原核生物，真菌属于真核生物；细菌通常有单细胞结构，而真菌有单细胞和多细胞结构；细菌的营养方式多为自养，真菌的营养方式是异养。

1.生物分类：细菌菌落中的生物属于原核生物，它们的细胞内没有真核细胞核和一些细胞器，如内质网、高尔基体等；真菌菌落的生物则属于真核生物，细胞具有明显的核结构和膜系统。

2.细胞结构：细菌通常是单细胞结构，而真菌则有单细胞和多细胞两种结构。例如，酵母菌是真菌界中的单细胞生物，而真菌丝是真菌界中的多细胞生物。

3.营养方式：细菌的营养方式多样，有光合细菌、硝化细菌等可以进行自养，也有分解有机物的异养细菌。真菌的营养方式为异养，它们以分解外界有机物或寄生在其他生物体内为生。

4.生活环境：细菌和真菌的生活环境也存在差异，细菌可以生活在很多极端环境中，如高温、高盐、高酸等；真菌一般生活在温和的环境中，对湿度有一定的要求。

总之，尽管细菌菌落与真菌菌落在形态上可能存在一定的相似性，但它们在生物分类、细胞结构、营养方式和生活环境等方面有很大差别。