电动车长时间骑行导致肩膀疼痛，可能需要调整骑行姿势、增加休息、进行肩部运动、采取物理疗法和药物治疗。

首先，调整骑行姿势可以缓解肩部压力，尽量保持肩部放松，避免长时间保持同一姿势。

其次，适当的休息和轮换活动能够防止肌肉疲劳，引起的疼痛。

再者，肩部运动如拉伸和强化练习可以帮助缓解肌肉紧张和改善血液循环。物理疗法如热敷、按摩等也有助于舒缓疼痛。

最后，若疼痛持续不减，可能需要药物治疗，例如非处方的非甾体抗炎药。

如果以上方法无法缓解疼痛，或者疼痛加剧，建议及时就医，以排除可能的疾病导致的肩部疼痛。