甲硝唑凝胶和复方多粘菌素B软膏的主要区别在于药物成分、药效和适应证。

甲硝唑凝胶，是一种抗生素类药物，其主要成分甲硝唑具有广谱的抗菌作用，能够杀死厌氧菌和阴道滴虫。

复方多粘菌素B软膏，则是一种外用抗生素药，其主要成分多粘菌素B、氯霉素和糠酸氟轻松，可以抑制多种细菌的生长，并有抗炎、消肿的作用。此药主要用于治疗皮肤湿疹、皮炎、脓疱病和其他细菌性皮肤病。

总的来说，这两种药物的应用范围和治疗效果都有所不同，使用时应根据医生的建议和自身病情进行选择。