婴儿三个月进行补钙的正确方式包括选择适宜的钙源、合理的剂量、以及正确的服用时机。同时，补充维生素D可以增加钙的吸收。

1.选择适宜的钙源：对于3个月的婴儿，可选择乳酸钙和葡萄糖酸钙这两种有机钙，这两种钙源容易溶解，适合婴儿补钙。

2.合理的剂量：根据中国营养学会发布的《中国居民膳食营养素参考摄入量表》，0-6个月的婴儿每日钙适宜摄入量为300毫克。补钙量应根据婴儿的身体状况适当调整，分次补比一次大剂量补充吸收好。

3.正确的服用时机：钙的吸收需要一定的时间，因此建议在晚上睡前进行补钙，此时胃肠蠕动较慢，食物在胃肠道停留较长，有利于钙的吸收。

4.补充维生素D：钙的吸收需要维生素D的帮助，因此在补钙的同时，建议补充维生素D。可以选择服用鱼肝油（维生素AD）或维生素D3制剂，也可以通过晒太阳促进皮肤中一种胆固醇转化为维生素D。同时适量的接触阳光可以促进维生素D的吸收。

注意，每个婴儿的情况可能会有所不同，因此在补钙时，最好在医生的指导下进行。