脚部被钉子扎伤后应该去医院的急诊科或普通外科。

首先，如果扎伤后立即出现大量出血或者疼痛剧烈，应立即前往急诊科接受处理，医生会根据伤口的严重程度进行必要的急救、清创术等措施，对伤口进行清创缝合术，并予以术后相应防治感染等治疗等。

其次，如果伤口不严重，可以在普通外科进行处理，医生会进行伤口的清洁、消毒和包扎，以防止感染等处理。

另外，需要注意的是，由于钉子可能带有破伤风杆菌，如果长时间没有接种过破伤风疫苗，或者接种记录不清，应当在医生指导下接种破伤风疫苗，以预防破伤风的发生。