基因不匹配通常指的是两个或多个生物体之间的基因型或者某些特定基因存在差异。在许多医学领域，特别是在器官移植和血液疾病治疗中，这种基因不匹配可能会导致严重的免疫反应和并发症。

基因不匹配主要有两种情况：一是同种异体移植中的基因不匹配，即供体和受体之间的组织兼容性抗原（HLA）不一致，可能导致排斥反应；二是亲子鉴定中的基因不匹配，即通过基因检测发现，父母和孩子之间的某些基因位点不一致，通常被视为非亲生关系的证据。

基因不匹配可能带来的风险和影响因情况而异，可能需要医生的评估和指导。如果是在移植等医疗程序中，医生会采取一些措施，如药物免疫抑制、骨髓移植等，来减少不匹配带来的风险。