全脂灭菌乳与部分脱脂灭菌乳的主要区别在于脂肪含量和营养成分。

1. 脂肪含量：全脂灭菌乳是指经过高温消毒处理的保留了牛奶原有脂肪含量的乳品，脂肪含量一般在3.5%左右。部分脱脂灭菌乳是指在灭菌过程中将部分脂肪去除的乳品，脂肪含量通常在1.5%-2%之间。

2. 营养成分：由于脂肪含量的不同，全脂灭菌乳和部分脱脂灭菌乳在营养成分上也有所差异。全脂灭菌乳的热量、脂肪溶性维生素（如维生素A、D、E、K）含量较高，而部分脱脂灭菌乳的热量和脂肪溶性维生素含量较低。

不过，两者在蛋白质、矿物质、水溶性维生素等其他营养成分上的差异不大。

选择全脂灭菌乳还是部分脱脂灭菌乳取决于个人的饮食需求和健康状况。全脂灭菌乳更适合需要补充能量和脂肪的人群，如儿童、孕妇和老年人；而部分脱脂灭菌乳则适合控制热量摄入、减肥或降低血脂的人群。在选择时，可以根据自己的实际需求和医生的建议来决定。