甲鱼内部的黄色部分是脂肪和内脏组织，这些部分可以食用，但在食用前需要确保处理得当。

首先，要将甲鱼杀好，去除头部和四肢。然后剖开甲鱼腹壳，将内部的内脏和黄色脂肪组织清理干净。在清理过程中要注意，不要破坏胆囊，因为胆汁会影响食物的口感。最后，将甲鱼洗净，再进行烹饪。

需要注意的是，甲鱼的内脏组织中可能含有多种病原微生物，因此烹饪时要确保煮熟，避免生食。食用后如有不适，请及时就医。