脚拇指比第二个脚趾短的原因可能有多种，主要包括遗传因素、骨骼发育和生活环境等。

1.遗传因素：脚的形状和大小受到遗传因素的影响。有些人的父母或祖辈中就存在这种现象，因此脚拇指也可能较短。

2.骨骼发育：骨骼发育过程中，脚趾骨的生长速度和骨骼生长板的关闭时间可能存在差异，导致脚拇指长度和第二个脚趾之间的比例不均衡。

3.生活环境：长期穿着不合适的鞋子，尤其是尖头鞋、高跟鞋等鞋型，可能会对脚趾产生压迫，影响其正常发育。

虽然脚拇指较短不会影响日常生活，但是建议保持正确的鞋子穿着习惯，避免给骨骼和关节带来不必要的压力。如有疑虑可以就医检查。