艾灸消毒通常适用于空气消毒，酒精消毒通常用来人体皮肤以及一些医疗器械的消毒。

艾灸消毒通常情况下是通过燃烧艾叶产生的浓烟对室内空气起到消毒作用，艾灸消毒之后要注意自然通风，因为艾灸消毒产生的浓烟会对呼吸道产生一定的影响。

酒精消毒是利用75%左右的乙醇分子强大的渗透作用，快速使病原微生物的蛋白质脱水、变性、凝固、坏死，从而使病原微生物死亡，起到消毒杀菌的效果。

艾灸消毒通常不能代替酒精消毒，因为酒精消毒安全性很高，而且不易对人体产生不良影响，因而适用范围更加广泛。