青霉素眼药膏和红霉素眼药膏都可以治疗眼部疾病，但它们的抗菌作用不同。

青霉素眼药膏适用于A和B族溶血性链球菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等革兰阳性菌所致的感染。红霉素为大环内酯类抗生素，作用机制是抑制细菌蛋白质合成，对革兰氏阳性菌也有抗菌作用，但对口腔杆菌、消化链球菌、衣原体等有较好的抗菌作用。

使用青霉素眼药膏时的不良反应一般为过敏反应，患者可出现寒战、发热、心跳加快甚至抽搐昏迷，所以使用前建议进行青霉素皮试。对青霉素过敏者禁用青霉素。

长期大面积使用红霉素眼膏，会引起恶心呕吐、肝功能损害、可逆性神经性耳聋等，此药物禁忌暂不明确，但已知对红霉素过敏者不应使用。

所以，在选择使用两种眼药膏时，应确定患者所感染的是何种病菌，再对症选择。如需应用，需遵医嘱。