头顶凹陷有个坑可能是先天性发育不良、缺钙、外伤等，应及时就诊查明病因。

1.先天性发育不良：有可能是睡觉的姿势不正确，而导致的头顶不平有坑凹，只要没有出现不舒服的情况，一般就不需要治疗。

2.缺钙：人体中的钙是合成骨的重要物质，低钙血症会导致骨头发育不良，从而引起头顶凹陷有个坑的情况等。

3.外伤：车祸或者摔倒后头顶着地，出现后头顶凹陷有个坑，并有头痛、呕吐等症状。

除以上这些因素外，不排除还有其他原因引起，建议患者及时就医明确病因，遵医嘱进行规范治疗。