石菖蒲和山奈的主要区别在于功效和主治等方面。

1.功效的区别：石菖蒲的功效是开窍豁痰，醒神益智，化湿开胃（通过祛湿使胃肠功能正常）。山奈的功效是行气温中，消食，止痛。

2.主治的区别：石菖蒲主治痰蒙神窍，神志昏乱，湿阻中焦（湿邪阻碍脾胃功能），脘腹胀闷（腹部感觉胀气不舒服）疼痛，健忘失眠耳聋耳鸣等病症；山奈主治胸膈胀满，脘腹冷痛（胃脘和腹部感到寒冷疼痛），饮食不消化，寒湿吐泻等病症。

使用时应注意石菖蒲和山奈的不良反应和禁忌尚不明确。但胃有郁火及阴虚血亏者慎用山奈。如需用药，建议前往正规医院，在专业医师辨证指导下，根据自身情况合理选择，不要擅自盲目用药，以免延误病情。