目前针对长期吃水飞蓟的危害研究较少，不足以得出结论，从中医角度的性味功效看长期使用可能会损伤脾胃功能，因此建议有明确适应证时使用并在服用前咨询医师。

水飞蓟性寒味苦，有清热利湿（去除体内的热邪和湿邪），疏肝利胆（疏通肝胆的气机）的功效，全草常用于治疗肿毒疮疡，果实及提取物常用于治疗肝系胆系病变，如西医的慢性肝炎，脂肪肝，胆结石，黄疸等。

目前对长期使用水飞蓟的副作用研究较少，但不排除有潜在的风险，仅从中医角度看，其寒性对喜温的脾胃可能有一定影响，容易造成腹泻恶心等胃肠道不适，因此不建议自行长期服用。