泌尿道感染需与尿道综合征、泌尿系结核、慢性肾小球肾炎、全身感染性疾病、邻近器官感染等鉴别。

尿道综合征：常见于女性，有尿频、尿急、尿痛、排尿不适等尿路刺激征，但多次检查均为无真性菌尿。多由于逼尿肌与膀胱括约肌功能不协调、妇科或肛周疾病、神经焦虑等引起，也可由衣原体感染引发。

泌尿系结核：膀胱刺激征更明显，一般抗生素治疗无效，尿沉渣可找到抗酸杆菌，尿培养结核分枝杆菌阳性，普通细菌培养为阴性结果。静脉肾盂造影可见肾实质虫蚀样缺损等表现。

慢性肾小球肾炎：多为双侧受累，且肾小球功能损伤较肾小管功能受损突出，并常有较明确的蛋白尿、血尿和水肿病史。无尿路刺激征、菌尿。影像学可见双肾不对称性缩小。

全身感染性疾病：急性肾盂肾炎的全身症状明显时易被误诊为流行性感冒、疟疾、脓毒症、伤寒等。但这些疾病各有各的临床特征和实验室检查异常，可通过询问病史，注意有无尿路刺激征、肾区叩击痛，结合尿沉渣及尿细菌学检查可鉴别。

邻近器官感染：宫颈炎、阴道炎等可通过妇科检查及阴道分泌物检查等来明确；部分尿路感染可表现发热、腹痛、血白细胞升高等，需要与急性阑尾炎、急性盆腔炎等鉴别，通过病史、体格检查、尿常规、尿细菌检查等来鉴别。