指甲不平有凹凸可能是由甲母质外伤、皮肤病、缺乏微量元素等原因导致的。

甲母质位于指甲根部，是制造指甲的部位，如果甲母质受到外伤，就可能导致制造的指甲凹凸不平。皮肤病也可能导致指甲不平有凹凸。比如银屑病患者指甲上可能会出现点状凹陷；甲真菌病导致甲床增厚，也可导致指甲变形。体内缺乏微量元素和维生素也容易导致指甲凹凸不平。

此外，末梢循环不良、甲减、毛囊角化病、类风湿性关节炎、扁平苔藓、斑秃患者的指甲上会有纵向的纹路；锌缺乏、甲亢、毛发红糠疹患者的指甲上会出现横向的纹路，也会让指甲看起来是凹凸不平的。