肛瘘复发概率与手术时间或者手术后时间无关，与瘘管类型有一定关系，因此肛瘘手术复发率较高，并不分时间。

根据瘘管的高低可以分成高位瘘管与低位瘘管，根据瘘管的数目又可分为单纯性肛瘘与复杂性肛瘘，如低位单纯性肛瘘，内口比较容易找出，因此肛瘘术后复发概率比较低，对于高位肛瘘，因瘘管部位较高，加大了内口找寻难度，所以相较于低位肛瘘，高位肛瘘复发概率较高。

据不完全临床数据统计，高位肛瘘复发概率可以达到30%以上，而肛瘘总复发概率达到15%～20%。所以，在日常生活中应重视避免便秘和腹泻，由于腹泻，粪便十分容易进入至肛瘘与瘘管部位，容易诱发炎症。还要养成良好的排便习惯，注重排便畅通，才能减少肛瘘复发概率。